在廣州辭戰後,被任命為行政法院院長,他辭而未就,隨政府來台,被聘 為國策顧問
在台北重執行律師業務,當時中國航空公司發生爭奪飛機事件,案情涉及已佔據到 大陸的中央政權。港英輯國民政府訴訟,案情複雜。端木由國府聘請代理訴訟,他 爬梳解析,每週往返香港台北,又去到倫敦,與該地律師及法官辯論,跋涉奔波, 席不暇暖,卒獲勝訴,保住國家資產。
1962年
端木辭去國策顧問,專心律師事務
至1979年,復被聘為光復大陸設計研究委員會副主任委員。1981年,被中國國民 黨聘為中央評議委員,又受社會人士擁戴,出任太平洋文化基金會董事長,團結自 強協會理事長,領導國際學術交流及團結全民,共謀中興的大業。
六十年代初,東吳大學海內外校友倡議在台復校,身為校友的端木參與最力
端木黨政關係良好,先後膺選為東吳同學會會長、董事會董事、代理董事長,1969 年被選為校長,領導該校創建及擴建,任期長達14年,直到1985年始卸職,改任東 吳大學董事長,直到辭世為止,為東吳大學奉獻了四十年心力
端木治校,以學術付院系,以行政付處組主管
他只管大政方針,如有要求,注重溝通。學系施教,重質而不求量,每週訂出時間與 學生餐敘,聽取師生意見,不厭其煩。任職期間無一囊之智,悉入校庫。迨卸脫校政 ,又復盡以私儲、圖書、住宅捐贈學校。端木愷對於端吳大學,犧牲奉獻,鞠躬盡瘁